قامت الهيئة بتوقيع مذكرات تفاهم وشراكه مع العديد من المنظمات الاقليمية والدولية ومنها:
- المنظمة العربية للتربية والثقافة والعلوم (ALECSO)
- اللجنة الأقيونوغرافية الحكومية الدولية التابعة لليونسكو (IOC)بيانات.
- المنظمة الإقليمية لحماية البيئة البحرية (ROPME)
- برنامج الأمم المتحدة للبيئة/ المكتب الإقليمي لدول غربي آسيا (UNEP-ROWA )
- مجلس الوزراء العرب المسئولين عن شئون البيئة (CAMRE)
- برنامج الأمم المتحدة للبيئة (UNEP)
- مركز التنمية والبيئة للإقليم العربي وأوروبا (CEDARE)
- خطة عمل البحر الأبيض المتوسط التابعة لبرنامج الأمم المتحدة للبيئة (UNEP-MAP)
- المنظمة الإسلامية للتربية والعلوم والثقافة (ISESCO ) وخليج عدن 2006.
- المنظمة البحرية الدولية (IMO)
- منظمة الأمم المتحدة للتنمية الصناعية (UNIDO)
- مذكرة تفاهم عن دولة رقابة الميناء
- الهيئة العربية للطاقة الذرية
