يعتبر البحر الأحمر وخليج عدن أحد أهم الأنظمة البيئية على مستوى العالم، حيث يعرف بتنوع أنظمته البيئية وأهميتها البيولوجية كما يتميز بوفرة الموائل والأنواع وبتعدد الأنواع المستوطنة، إذ يعتبر أحد أهم مستودعات التنوع البيولوجي البحري.

و مما يدعو إلى صون وحفظ هذه الأنواع والموائل على المستوى العالمي ما يلي: تنوع موائل الشعاب المرجانية خصوصاً في وسط البحر الأحمر؛ كثرة الأنواع البحرية المستوطنة؛ الشعاب المرجانية الفريدة خصوصاً في خليج العقبة ؛ الشعاب المرجانية الحلقية (أتول) في سنجانيب في السودان ؛ انتشار العديد من غابات أشجار المانجروف وتجمعات أبقار البحر (الأطوم) والسلاحف البحرية في جنوب البحر الأحمر؛ التنوع البيولوجي الفريد لأرخبيل سوقطرى؛ المخزونات الواسعة من الأسماك التجارية وارتفاع معدل الإنتاج الأولي والثانوي في خليج عدن.

وقد تم تسجيل  أكثر من 300 نوع من الشعاب المرجانية الصلبة في البحر الأحمر، وأكثر من 1300 نوع من الأسماك ومئات الأنواع من اللافقاريات البحرية والثدييات البحرية.  ومع ذلك، فإن التطور السريع على سواحله والأنشطة البشرية المتزايدة يهددان استدامة وقيمة هذه الموارد الحساسة في العديد من البلدان المطلة على البحر الأحمر وخليج عدن،  إضافة إلى كونه ممراً ملاحياً هاما يتطلب تطوير العديد من مرافق الموانئ. كما يؤدي نمو سياحة الغوص الكثيفة بشكل غير رشيد إلى تدمير مناطق الشعاب المرجانية. كما أدى نمو الزيادة السكانية في المنطقة الساحلية إلى مزيد من الضغوط على الموائل الساحلية والبحرية وزيادة حمل الملوثات. وقد تتأثر مخزونات اللافقاريات والأسماك (والنظم الإيكولوجية المرتبطة بهما) بالإفراط في عمليات الصيد.

ويركز هذا البرنامج على إنشاء مناطق حماية للتنوع البيولوجي وإدارتها بشكل فعال وإنشاء وتعزيز الاستخدامات المستدامة، وذلك من خلال التصدي للتهديدات المباشرة للبيئة البحرية.

كما تم تطوير شبكة من المحميات البحرية في الإقليم للعمل على تبادل الخبرات والحد من تاثيرات الضغوط على البيئة البحرية.