شركاء بيرسجا
مرفق البيئة العالمي (GEF)
البنك الدولي
منظمة الأمم المتحدة للأغذية والزراعة (FAO)
برنامج الأمم المتحدة للبيئة (UNEP)
برنامج البيئة الإقليمي للأمم المتحدة UNEP
تعتبر الشراكة مع برنامج الأمم المتحدة للبيئة شراكة استراتيجية في مجال المحافظة على البيئة البحرية في الإقليم. ولقد قامت الهيئة بتوقيع مذكرة تفاهم في 13 ابريل 1996م، للتعاون في هذا المجال. وقد قام البرنامج بمساعدة الهيئة فنياً في دعم بناء القدرات في مجالات ادارة النظام البيئي وتلوث البيئة البحرية من المصادر البرية والنفايات البحرية وادارة المياه المهدورة، وفي مجال التأقلم على التغيرات المناخية وسياسات المحافظة على موائل ومستودعات الكربون الازرق في الإقليم.
شبكة العمل الدولية للشعب المرجانية (ICRAN)
جامعة الدول العربية
إيسيسكو
تتعاون الهيئة الإقليمية للمحافظة على البيئة وخليج عدن والإيسيسكو لتعزيز الحفاظ على البيئة والتنمية المستدامة. وتركز شراكتهما على بناء القدرات والتعليم وتعزيز البحث العلمي لمعالجة التحديات البيئية.
البنك الإسلامي للتنمية
بدأت شراكة الهيئة الإقليمية للمحافظة على بيئة البحر الأحمر وخليج عدن والبنك الإسلامي للتنمية في عام 2002، حيث قدم البنك الإسلامي للتنمية الدعم لإنشاء مكتبة الهيئة الإقليمية للمحافظة على بيئة البحر الأحمر وخليج عدن وتوفير التدريب على استخدام الحاسب الآلي. وقد عزز هذا التعاون من قدرة الهيئة الإقليمية للمحافظة على بيئة البحر الأحمر وخليج عدن على إدارة المعرفة والتطوير التكنولوجي في مجال الحفاظ على البيئة البحرية.